Questo è un trucco che mi è stato utile molte volte, soprattutto quando ho dovuto importare dati da qualche altra fonte. In questo esempio la funzione recupera tutte le tassonomie che non sono quelle integrate dentro a WordPress, ma solo quelle personalizzate. Cambiando il parametro _builtin di get_taxonomies da false a true, la stessa funzione si può usare anche per le categorie e i tag.

Enjoy.

/**
 * Aggiorna il conteggio dei post per tutte le tassonomie.
 */
function wporg_update_taxonomies_count() {

$taxonomies = get_taxonomies( [
'public'   => true,
'_builtin' => false

], 'names', 'and' );

foreach ( $taxonomies as $taxonomy ) {

$get_terms_args = [
'taxonomy'   => [ $taxonomy ],
'fields'     => 'ids',
'hide_empty' => false,
];

$update_terms = get_terms( $get_terms_args );
wp_update_term_count( $update_terms, $taxonomy );
}
}

add_action( 'init', 'wporg_update_taxonomies_count' );