Può capitare di dover utilizzare più script jQuery contemporaneamente, e magari questi script hanno una versione della libreria di jQuery diversa dall’ultima di default di WordPress.
In questo caso, è possibile sostituirla con ad esempio con una Google Lybrary, oppure con una libreria che viene scaricata e inserita direttamente nel tema.

Nel primo caso, nel file functions.php va inserito il seguente codice:

if ( ! is_admin() ) {
wp_deregister_script( 'jquery' );
wp_register_script( 'jquery', 'https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.7.1/jquery.min.js', false, '1.7.1' );
wp_enqueue_script( 'jquery' );
}

Nel caso volessimo utilizzare una libreria che va insieme al nostro template, ad esempio in una sottocartella js, il codice è il seguente:

if ( ! is_admin() ) {
wp_deregister_script( 'jquery' );
wp_register_script( 'jquery', get_bloginfo( 'template_directory' ) . '/js/jquery.js', false, '1.7.1' );
wp_enqueue_script( 'jquery' );
}

In entrambi i casi, si elimina la registrazione dello script di default e si registra il nuovo script.
In linea generale, sia per gli script che per i css è sempre meglio utilizzare la registrazione di WordPress al posto dell’inclusione tramite HTML nell’header del tema.

Grazie a Giorgio per avermi suggerito l’idea del post.